Se vislumbra un estilo manierista postherreriano, en ocasiones clasicista, pero siempre conservador y retardatario para su época, siendo el más adecuado para un convento fundado por un reformador tridentino, como era el arzobispo Bernardo de Rojas. Es en el baldaquino donde se aúnan arquitectura, pintura y escultura en una armonía ejemplar. Todo ello nos conduce a una concepción teatral y simbólica de la arquitectura como arte que, engloba pintura y escultura. Llegado a este punto conviene resaltar que en arquitectura sobresale Juan Gómez de Mora. En pintura nos encontramos con el talento italiano de Angelo Nardi, pintor de cámara de Felipe III. Resaltar que en este templo se conserva la mayor colección de obras del pintor en España.

Una de las obras más importantes de su carrera son las pinturas del presbiterio o capilla mayor y la serie de retablos de las capillas laterales realizados para este convento entre los años 1619-1621. Hay que destacar que siempre estuvo muy cercano a uno de los mejores pintores españoles, Diego Velázquez.

El trabajo de Angelo Nardi partió de la tradición toscana, insistiendo en la corrección del dibujo, que supo enriquecer con el colorismo y luz venecianas.

En cuanto al campo de escultura resalta la obra del portugués Manuel Pereira. Antonio Palomino, uno de los biógrafos de la época, le definió como un insigne escultor de ascendencia noble y señaló su nombramiento como familiar del Santo Oficio, un título del que presumió durante su larga vida.

Durante su larga vida reinterpretó, con gran maestría, los principales episodios de la literatura hagiográfica tanto en madera como en alabastro. En este sentido, su dominio de la técnica de la talla de piedra le proporcionó una gran fama en los medios eclesiásticos.